FRANCISCO DE PAULA SANTANDER
En 1611, el cabildo de Tunja le solicito al provincial de la Compañía el padre jesuita Gonzalo Núñez quien predicaba los Sermones de Cuaresma en Santa Clara, la fundación de un colegio, y para ello les ofreció la casa del Capitán Francisco de Avendaño en la Calle Real. Ubicada en el lugar en donde hoy se encuentra el templo de San Ignacio. El 13 de Abril de 1611 se firmó la escritura de venta de la casa, por la suma de tres mil pesos.
El 9 de Marzo de 1613 se iniciaron las clases en el colegio de los jesuitas en Tunja , que fue convertido en noviciado. El primer Rector del Colegio fue el padre Gonzalo Núñez, acompañado de tres Padres Jesuitas y dos hermanos. En el año 1614 estuvo en este noviciado. San pedro Claver en su año de probación hasta el año 1615 cuando fue destinado a su misión con los negros esclavos de Cartagena de Indias. El Padre Sebastián Murillo , Rector del Colegio de Tunja, inicio la obra de la construcción del templo de San Ignacio y fue el padre jesuita José de Tobalina, quien en su obra como Rector del Colegio de los Jesuitas en los años 1629 – 1630 y luego en 1633 se intereso por la construcción de la Iglesia de San Ignacio, la cual se culminó en la segunda mitad del siglo XVII. A su lado se construyo el edificio del Colegio de los Jesuitas, que hoy es la Seccion Central <
Los hermanos fueron dueños de la Hacienda de "El Salitre" de Paipa; de la Hacienda de la compañía de Firavitoba; de "La Ramada" en Sogamoso; tierras de la compañía en Tuta, lengupa y en las Misiones de Casanare. En el año 1767, la Comunidad de los Jesuitas fue expulsada de todos los dominios del Imperio Español y sus Provincias en el reinado de monarcas Carlos III. Se consideró que su tesis populistas eran contrarias a la autoridad real de la Monarquía Española; además se consideró que los Jesuitas tenían una especie de independencia, que no convenía para la integridad del Imperio Español.
Según la tradición tunjana, los jesuitas antes de salir escondieron un gran tesoro de custodias, cálices copones de finísimo oro, joyas de plata, esmeraldas y otras riquezas que guardaron en un lugar aun no encontrado. En los días 7 y 8 de Agosto de 1767 salieron los Jesuitas de Tunja camino de Honda y de allí siguieron a Mompós, Cartagena y luego hacia Europa.
El Colegio de los Jesuitas de Tunja, después de la expulsión de los religiosos estuvo abandonado durante 10 a los entre 1767 1777, cuando fue trasladado el Hospital de caridad de Tunja, dirigido por los padres de San Juan de Dios. Allí estuvo el Hospital hasta el año 1835 cuando la casa del convento paso a ser propiedad del colegio de Boyacá, a donde se tranlado los estudios del Colegio y la Universidad. La Institución le hizo un homenaje a San Pedro Claver, el patrono de las misiones y el defensor de los derechos humanos, en el año 1954, con motivos de la conmemoración de los 300 años de su muerte.
El Colegio de Boyacá inicio labores el 20 de Octubre de 1822, en el Claustro de San Agustín desde su translado al Convento de los Jesuitas, en 1935 fue sede exclusiva de la Seccion Masculina, pese a la integración de los muchachos y las niñas, de los dos últimos años de media Vocacional, iniciada en 1969, con 15 niñas en 5º de Bachillerato, bajo la Rectoría del Doctor José Antonio Martínez.
A partir de este año, además del Rector, el Vicerrector y Prefecto de Disciplina, se estableció una coordinación que, con una descarga académica, se encarga, en principio, de las niñas; y, pasando el tiempo abarcó a todo el por las licenciadas isabelita de castro, Ligia Chaparro de Rojas y Maria Elisa Flórez Espinosa, ilustres educadoras dignas de siempre recordar. A partir de 1988, se nombró Coordinador con funciones especificas y dedicación exclusiva, y ocupó esta posición la licenciada Ligia Chaparro de Rojas hasta el año de 1998. Y de 1999 a 2001. La Profesora Stella Vargas de Monroy.
En esta historia Seccion, se formaron grandes escritores a nivel internacional como Carlos Arturo Torres y a nivel nacional los poetas José Joaquín Ortiz, Enrique Álvarez Bonilla, Roberto y José Vargas Tamayo, Julio Roberto Galindo, Carlos Martín, Enrique Medina Florez, Pedro Medina Avendaño. Los historiadores Aqulino Niño, Cayo Leonidas Peñuela, Mateo Domínguez Espinosa, Nicolás García Samudio, Nebardo Rojas, Juan Climaco Hernández, Jorge Cárdenas García, Rafael Salamanca Aguilera, Ulises Rojas, Ramón C, Correa, Milton Puentes, Gabriel Camargo Pérez, Guillermo Plazas Olarte, Humberto Plazas Olarte, Max Gómez Vergara, Gustavo Humberto Rodríguez, Pedro Gustavo Huertas, los grandes ensayistas Diego Mendoza Pérez, José Mar, Armando Solano, Oliverio Perry, Plinio Mendoza Neira entre otros.
Una modificación del plan de estudios abolió estas modalidades que, en su mayoría, fueron ventajosas en la preparación de los estudiantes y afianzaron en la calidad académica del Colegio. En 1998 se vuelve ala sistema tradicional, es decir, Bachiller Académico.
En el año 2002 se modifica la intensidad horaria en Matemáticas, con una Hora de estadística, en filosofía y en ingles y se ofrece una hora de Orientación Vocacional, en Décimo y Once. Todo ésto, para volver a profundizar en Matemáticas, Ciencias y Humanidades.
La Seccion Central cuenta con 727 estudiantes distribuidos distribuidos en 20 cursos: diez en Grado Décimo y Diez en Grado Once. Y su orientación académica y formación social es responsabilidad de 37 profesores