la Comunidad de los Jesuitas fue expulsada de todos los dominios del Imperio Español y sus Provincias en el reinado de monarcas Carlos III. Se consideró que su tesis populistas eran contrarias a la autoridad real de la Monarquía Española; además se consideró que los Jesuitas tenían una especie de independencia, que no convenía para la integridad del Imperio Español. El 1 de Agosto de 1767 a las 4 de la mañana el Oidor Don Benito y Montenegro, comisionado por el Virrey Pedro Messía de la Zerda y en compañía del corregidor de Tunja con Domingo Antón de Guzmán y de otras personas de Tunja se presentaron al Colegio de los Jesuitas en donde se leyó el Real Decreto de Expulsión. Se encontraban 10 sacerdotes Jesuitas, 4 estudiantes de tercera probación, 7 coadjutores profesos, 17 novicios, 13 estudiantes y 4 coadjutores. Se hizo el inventario de las casas, enseres ornamentos y alhajas, la biblioteca de 2.308 volúmenes, las haciendas, la estancia de «las Cuadras» en las inmediaciones de Tunja y 29 tiendas en la plaza mayor de Tunja. Como en el día de la expulsión el Padre Domingo Irisarri no se encontraba en Tunja, lo reemplazó en el acto de la entrega el vicerrector del Colegio, Padre Vicente Ballesteros. Según la tradición tunjana, los jesuitas antes de salir escondieron un gran tesoro de custodias, cálices copones de finísimo oro, joyas de plata, esmeraldas y otras riquezas que guardaron en un lugar aún no encontrado. En los días 7 y 8 de Agosto de 1767 salieron los Jesuitas de Tunja camino de Honda y de allí siguieron a Mompós, Cartagena y luego hacia Europa.

Después de la expulsión de los religiosos estuvo abandonado durante 10 a los entre 1767 1777, cuando fue trasladado el Hospital de caridad de Tunja, dirigido por los padres de San Juan de Dios. Allí estuvo el Hospital hasta el año 1835 cuando la casa del convento pasó a ser propiedad del colegio de Boyacá, a donde trasladó los estudios del Colegio y la Universidad. La Institución le hizo un homenaje a San Pedro Claver, el patrono de las misiones y el defensor de los derechos humanos, en el año 1954, con motivos de la conmemoración de los 300 años de su muerte. El colegio de Boyacá en su sede del antiguo Colegio de los Jesuitas se convirtió en el «Alma Mater» de la Cultura tunjana y del Departamento de Boyacá. Esta construcción de arquitectura Colonial y Republicana con caracteres Neoclásicos que se levanta en el marco de la Plaza de Bolívar, es el símbolo que encierra la identidad histórica y pedagógica de este colegio que es decano de la Educación Pública Boyacense y Colombiana. El Colegio de Boyacá inició labores el 20 de Octubre de 1822, en el Claustro de San Agustín desde su traslado al Convento de los Jesuitas, en 1935 fue sede exclusiva de la Sección Masculina, pese a la integración de los muchachos y las niñas, de los dos últimos años de media Vocacional, iniciada en 1969, con 15 niñas en 5º de Bachillerato, bajo la Rectoría del Doctor José Antonio Martínez.